Mission San Jose, grunnlagt i sent 1700-tallet, er en av flere misjoner etablert av spaniarene i California før det ble en del av USA. I århundrene siden da, er de fleste av strukturene bygget av disse tidlige californianerne ødelagt og noen av dem er gjenreist. Samtidig har området rundt misjonen vært vitne til den massive veksten av det nærliggende San Francisco Bay-området, inkludert misjonshjemstaden Fremont og nærliggende San Jose. Nå er misjonen en utdannings- og kulturformue for nord-California, samt en fungerende katolsk kirke.
De spanske misjonene i 1700-tallets California tjente et antal formål, men hovedsakelig ble de bygget for å sikre Spaniens krav på et så remote sted, og for å introdusere kristendommen til den lokale urfolkebefolkningen. Misjonene hadde også den uheldige bivirkningen av å introdusere nye og ofte dødelige sykdommer til indianerne. Mission San Jose var den 14. slik misjon som ble grunnlagt av spaniarene, lokalisert øst for San Francisco Bay på ruten til San Joaquin Valley. De fleste av de nærliggende innbyggerne ved grunnleggingen var Ohlone-indianere, et jakte-samle-fiskefolk.
Far Fermin Francisco de Lasuen grunnla formelt Mission San Jose, hvis fulle opprinnelige navn var «La Mision del Gloriosisimo Patriarch San Jose», i juni 1797, nær Ohlone-landsbyen Orisom. Misjonen ble navngitt til ære for Josef, ektemannen til Maria, Jesu mor. Byen San Jose, California, som ble grunnlagt ca. 20 år før misjonen, er navngitt etter den samme helgen, men har ellers ingen historisk tilknytning til misjonen.
Misjonen blomstret i sine tidlige år. Ifølge misjonens nettside, «tre år etter grunnleggingen av Mission San Jose, hadde flere hundre Ohlone kommet til å bo på Misjonen... Tusener av storfe vandra på misjonsområdene [og] acre med hvete og andre grøde var plantet og høstet under ledelse av prestene.» Dette var i samsvar med de pålagte målene for spanske misjoner i California og andre steder, å omforme den urbefolkede befolkningens livsstil til noe mer som ligner på den spanske.
Den adobe-tegl og redwood-tømmer misjonskirken på Mission San Jose ble fullført i 1809 under tilsyn av far Narciso Duran, som sannsynligvis er den mest ihukommende presten for misjonen. Han tjeneste i den kapasiteten fra 1806 til 1833, inkludert den turbulente overgangen fra spansk styre til et uavhengig Mexico i årene fra 1810 til 1821, og var også leder for alle misjonene i California i et antal år etter 1824. Duran elsket musikk, og trente et «orkester på 30 indianske musikere, som spilte fløyte, fiolin, trompet og trommer, som var undret av området,» noter CaliforniaMissions.com.
I 1830-årene sekulariserte den mexikanske regjeringen alle misjonene i California – unntatt Mission Santa Barbara – og jordene tilhørende San Jose ble delt opp til rancher og tydeligvis mye av den andre eiendommen som en gang holdt av misjonen ble misbrukt. Da USA tok besittelse av California i 1848, var det kun noen få bygninger igjen av en gang blomstrende misjon. USA returnerte disse bygningene til den katolske kirken i 1850-årene, men i 1868, en jordskjelv utjevnet adobe-kirkebygget. Det ble erstattet av en trekonstruksjon.
Mission San Jose led i sin reduserte tilstand gjennom det meste av 1900-tallet da denne delen av nord-California vokste rundt den, selv om det var noen restaureringsinnsats fra Native Sons and Daughters of the Golden West som etablerte et museum på stedet og plantet blomster og palmetrær. I 1973 dannet innbyggere i området med interesse for misjonens fargerike historie den ideelle, ikke-sektarian Committee for the Restoration of the Mission San Jose. Dens tiårige mål ville være å restaurere misjonen til sin tidlige 1800-talls herlighet så mye som mulig i moderne tider.
I 1982 begynte arbeidet med å restaurere kirkebygget, med vekt på å gjøre det så likt 1809-strukturen som mulig, en oppgave fullført i 1985. Mer nylig har museumbygget (tidligere presteboligen) gjennomgått en seismisk retrofitting, for å hjelpe det motstå fremtidige jordskjelv. I fremtiden vil andre rom som ble ødelagt i 1868-jordskjelvet – mellom kirken og museet – også bli gjenskapt med et tidlig 1800-talls utseende.
Beliggende på den sørlige ende av San Francisco-bukta, er San Jose den tredje største byen i California og tilbyr besøkende et mildt klima hele året. San Jose har et bredt utvalg golfbaner, museer, nattliv, vingårder og handlevalg som appellere til et bredt spekter av besøkende. Happy Hollow Park &
Mission San Juan Capistrano, i dag en populær sørlig California turist-attraksjon, ble grunnlagt av spanjarder som et tilbedelses-sted i 1776. Etter at Mexico vant sin uavhengighet fra Spania i 1821, og senere avsted California ved traktat til USA, ble kirke-komplekset privat eiendom i 1840-tallet,
